Unterschied zwischen SYBR Green und Taqman | SYBR Green vs Taqman

SYBR Green und Taqman sind zwei Methoden, die zum Nachweis oder zur Beobachtung des Amplifikationsprozesses von Echtzeit-PCR verwendet werden. SYBR Green ist eine Methode, die auf der Interkalation von Nucleinsäure-Farbstoff basiert, während Taqman eine auf Hydrolyse-Sonde basierende Methode ist. Beide Technologien sind so ausgelegt, dass sie während der PCR Fluoreszenz erzeugen, was es einer Echtzeit-PCR-Maschine ermöglicht, die Reaktion in "Echtzeit" zu überwachen.

Die SYBR-Green-Methode wird unter Verwendung eines fluoreszierenden Farbstoffs, SYBR-Grün, durchgeführt und detektiert die Amplifikation durch Bindung des Farbstoffs an die produzierte doppelsträngige DNA. Taqman wird unter Verwendung von doppelt markierten Sonden durchgeführt und detektiert die Amplifikation durch Abbau der Sonde durch Taq-Polymerase und Freisetzungen des Fluorophors. Dies ist der entscheidende Unterschied zwischen SYBR Green und Taqman.

INHALT

1. Übersicht und Tastendifferenz

2. Was ist SYBR Green

3? Was ist Taqman

4. Seite an Seite Vergleich - SYBR Green vs Taqman

5. Zusammenfassung

Was ist SYBR Green?

SYBR Green ist ein fluoreszierender Farbstoff, der Nukleinsäuren, insbesondere doppelsträngige DNA in der Molekularbiologie, färbt. Die SYBR-Green-Methode wird zur Quantifizierung von PCR-Produkten während der Echtzeit-PCR verwendet. Sobald der DNA-Farbstoffkomplex mit der DNA verbunden ist, absorbiert er blaues Licht und emittiert intensives grünes Licht. Dies geschieht aufgrund der Strukturänderung, die im Farbstoffmolekül beim Binden mit doppelsträngiger DNA auftritt. Wenn PCR mehr und mehr DNA erzeugt, binden mehr Farbstoffmoleküle an die DNA und erzeugen mehr Fluoreszenz. Daher nimmt die Fluoreszenz mit der PCR-Produktakkumulation zu. Daher kann die Menge an PCR-Produkt durch den SYBR Green-Fluoreszenznachweis quantitativ gemessen werden.

SYBR grüner Farbstoff kann auch für die DNA-Markierung in der Zytometrie und Fluoreszenzmikroskopie verwendet werden. Ethidiumbromid wurde erfolgreich durch SYBR Green ersetzt, da Ethidiumbromid ein karzinogener Farbstoff mit Entsorgungsproblemen während der DNA-Visualisierung in der Gelelektrophorese ist.

Es gibt Vor- und Nachteile der SYBR-Green-Methode. Diese Methode ist sehr empfindlich, kostengünstig und einfach zu bedienen. Eine unspezifische Bindung kann jedoch aufgrund der Fähigkeit, an irgendeine doppelsträngige DNA zu binden, zu einer übermäßigen Quantifizierung des PCR-Produkts führen.

Abbildung 01: SYBR Green-Technik

Was ist Taqman?

Taqman ist eine alternative Methode zur Überwachung des Echtzeit-PCR-Prozesses von SYBR Green. Dieses Verfahren hängt von der 5'-3'-Exonukleaseaktivität des Taq-Polymeraseenzyms ab, um die Sonden während der Verlängerung des neuen Strangs und der Freisetzung von Fluorophor abzubauen.Doppelmarkierte Sonden werden bei dieser Methode verwendet und basieren auf der Hydrolyse von Sonden. Sonden sind fluoreszenzmarkierte DNA-Oligonukleotide mit einem fluoreszierenden Reportermolekül (Fluorophor) am 5'-Ende und einem Quencher-Molekül am 3'-Ende. Sie sind so konstruiert, dass sie an die einzelsträngige Matrize auf der gegenüberliegenden Seite der Primer-Annealien binden. Taq-Polymerase fügt dem Primer Nukleotide zu und erweitert den neuen Strang zu den dual markierten Sonden. Sobald die Taq-Polymerase auf die Sonde trifft, aktiviert die Exonuclease-Wirkung der Taq-Polymerase die Sonde und baut diese ab. Sobald die Synthese des neuen Strangs abgeschlossen ist, wird die Sonde vollständig abgebaut und setzt den Fluorophor frei. Die Freisetzung von Fluorophoren erzeugt Fluoreszenz. Das Fluoreszenzquencher-Molekül löscht effizient das emittierte Licht und erzeugt den Ausgang zur Quantifizierung des PCR-Produkts. Die Freisetzung von Fluorophoren und die Menge der PCR-Produkte sind proportional. Daher kann die Quantifizierung durch die Taqman-Methode leicht durchgeführt werden.

Abbildung 02: Taqman-Methode

Die Taqman-Methode wird in Echtzeit-PCR, Quantifizierung der Genexpression und Detektion genetischer Polymorphismen, Quantifizierung von chromosomalen DNA-Deletionen, bakterielle Identifizierung, Verifizierung von Mikroarrayanalysen, > Was ist der Unterschied zwischen SYBR green und Taqman?

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SYBR Green vs Taqman

SYBR Green basiert auf dem DNA bindenden Farbstoff.

Taqman hängen von Hybridisierungssonden und der 5'- bis 3'-Exonukleaseaktivität von Taq-Polymerase ab.
Fluoreszenzmarkierte Sonden	Keine fluoreszenzmarkierten Sonden sind nicht erforderlich.
Doppelmarkierte Sonden sind erforderlich.
Multiplex-Gen-Analyse	Es kann nicht für Multiplex-Gen-Ziele verwendet werden.
Es kann für Multiplex-Gen-Ziele verwendet werden.
Kosten	Dies ist weniger teuer.
Das ist teurer.
Spezifität	Dies ist weniger spezifisch und bindet an eine Doppelstrang-DNA
Diese sind sehr spezifisch, da Sonden die spezifischen Amplifikationsprodukte detektieren.
Effektivität	Dies ist weniger effektiv.
Dies ist sehr effektiv.
Anwendung	Dies wird in Echtzeit-PCR, Agarosegel-Visualisierung, DNA-Markierung usw. verwendet. Zusammenfassung - SYBR Green und Taqman
Taqman und SYBR green sind zwei in der Real-Time PCR (quantitative PCR) eingesetzte Methoden. Beide Verfahren ermöglichen eine effiziente Quantifizierung des PCR-Produktes und stützen sich auf die Emission der Fluoreszenz. Die Taqman-Methode verwendet zweifach markierte Sonden zum Nachweis der akkumulierten DNA, während die SYBR-Green-Methode einen fluoreszierenden Farbstoff verwendet. Beide Methoden haben auch unterschiedliche Anwendungen in der Molekularbiologie.
Referenz:	1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour und Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Vergleich der SYBR Green- und TaqMan-Methoden bei quantitativer Echtzeit-Polymerase-Kettenreaktion von vier Adenosin-Rezeptor-Subtypen."Fortgeschrittene biomedizinische Forschung. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. März 2017.

2. "Echtzeit-PCR-Grundprinzipien. "Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primer & Mastermix: Primerdesign GmbH N. p., n. d. Web. 13. März 2017.

3. "SYBR Green und andere Real-Time PCR-Farbstoffe. Biocompare. N. p., 05 Apr. 2010. Web. 14. März 2017

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. "PCR mit SYBR grün" By -Ygonaar 23: 09, 7. März 2006 (UTC) - Es ist ein Diagramm von Ygonaar mit Power Point, CC BY-SA erstellt 3. 0, // commons. Wikimedia. org / w / index. php? curid = 619528

2. "Taqman" Von Benutzer: Braindamaged - Eigene Arbeit (Public Domain) via Commons Wikimedia