Unterschied zwischen Blunt und Sticky End Ligation

Schlüsselunterschiede - Blunt vs Sticky End Ligation

Restriktionsendonukleasen sind spezifische Enzyme, die doppelsträngige DNA (dsDNA) schneiden. Sie sind auch als molekulare Schere in der Molekularbiologie bekannt. Restriktionsenzyme sind in der Lage, spezifische kurze Sequenzen der als Erkennungsstellen bekannten dsDNA zu erkennen und Phosphodiester- und Wasserstoffbrückenbindungen zu spalten, um Doppelstränge zu öffnen. Infolge der Spaltung durch diese Enzyme werden DNA-Fragmente mit verschiedenen Arten von Enden hergestellt, wie z. B. klebrigen Enden und glatten Enden. DNA-Ligase ist ein Enzym, das in der Molekularbiologie verwendet wird, um zwei benachbarte DNA-Stränge durch Bildung neuer Bindungen zu verbinden. Der Schritt ist als Ligation bekannt und gemäß dem Typ des ligierten Liganden können sie als stumpfe Endligation und klebrige Endligation bezeichnet werden. Der Hauptunterschied zwischen der stumpfen und der klebrigen Endligation besteht darin, dass eine glatte Endligation zwischen DNA-Fragmenten auftritt, die zwei glatte Enden enthalten, während eine klebrige Endligation zwischen 5'- und 3'-Überhängen auftritt. Im Vergleich zur glatten Endligation ist die Ligation des klebrigen Endes effizienter und stabiler.

INHALT
1. Übersicht und Tastendifferenz
2. Was ist Blunt End Ligation
3. Was ist Klebrige Endligation
4. Seite an Seite Vergleich - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Zusammenfassung

Was ist eine Blunt-End-Ligation?

Einige Restriktionsendonukleasen können die DNA an den gegenüberliegenden Basen schneiden und DNA-Fragmente mit glatten Enden produzieren. Diese Enzyme sind als stumpfe Endschneider bekannt; sie spalten gerade bis zur Mitte der Restriktionsstelle, ohne einzelsträngige überhängende Basen zu verlassen. Stumpfe Enden werden auch als nicht überhängende Enden bezeichnet, da sie keine 3 'und 5' überhängenden Basen an den Enden haben. Beide Stränge enden von Basenpaaren in glatten Enden. Übliche Stumpfenzym-Enzyme sind EcoRV HaeIII, AluI und SmaI.

Blunt End Ligation ist zwischen zwei glatten Enden beteiligt. Es ist keine Ligation von hervorstehenden Basen. Diese Ligation ist weniger effizient als die klebrige Endligatur. In manchen Fällen wird jedoch die Ligation mit glattem Ende vorteilhafter als die Ligation mit klebrigem Ende, insbesondere wenn Ligationsprodukte ligiert werden. PCR-Produkte werden immer mit glatten Enden hergestellt. Die Blunt-End-Ligation erfordert keine komplementären Enden in der DNA für die Ligation.

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Abbildung 01: Stumpfe Endproduktion durch Enzym Eco RV

Was ist eine Sticky-End-Ligation?

Einige Restriktionsendonukleasen sind in der Lage, dsDNA zu schneiden, wobei am Ende ein überhängendes Stück einzelsträngiger DNA zurückbleibt. Diese Enden sind als klebrige oder überhängende Enden bekannt. Eine klebrige Endligation tritt zwischen zwei DNA-Fragmenten auf, die übereinstimmende Überhänge enthalten, da klebrige Enden mit ungepaarten Basen besetzt sind und komplementäre Basen benötigen, um Bindungen zu bilden. Daher ist es notwendig, dasselbe Restriktionsenzym für beide DNA-Quellen zu verwenden, um die passenden ligierenden Fragmente herzustellen.

Die klebrige Endligation ist effizienter und ist oft in Klonierungsprozessen sehr wünschenswert. Es gibt verschiedene Restriktionsenzyme, die klebrige Enden erzeugen. Sie sind EcoRI, BamHI, HindIII etc.

Abbildung 02: Produktion von klebrigem Ende durch Eco RI Enzym

Was ist der Unterschied zwischen Blunt und Sticky End Ligation?

Blunt gegen klebrige Endligatur

Blunt End Ligation tritt zwischen zwei DNA-Fragmenten mit glatten Enden auf. Die klebrige Endligation tritt zwischen zwei passenden DNA-Fragmenten mit klebrigen Enden auf.
Enzyme
Stumpfe Enden schneiden stumpfe Enden. Sticky End Cutters produzieren klebrige oder kohäsive Enden.
Anforderung von Matching-Enden
Es erfordert keine passenden Fragmente oder komplementären Basen. Es benötigt komplementäre Basen an den Enden, um Basenpaare zu bilden.
Effizienz
Es ist weniger effizient als klebrige Endligation Es ist effizienter als die glatte Endligation.

Zusammenfassung - Blunt gegen klebrige Endligation

Restriktionsendonukleasen sind in der Lage, dsDNA zu spalten und DNA-Fragmente mit unterschiedlichen Enden zu produzieren. Sie erkennen spezifische Sequenzen und beschränken die DNA, indem sie klebrige und glatte Enden erzeugen. Klebrige Enden haben am Ende der Fragmente ungepaarte Basen. Stumpfe Enden werden durch eine gerade Spaltung erzeugt und haben an den Enden Basenpaare. Die klebrige Endligation erfordert zwei komplementäre einzelsträngige DNA-Stücke. Blunt End Ligation tritt zwischen zwei beliebigen stumpfen Endfragmenten auf. Dies ist der Unterschied zwischen stumpfer und klebriger Ligation.

Referenzen:
1. Roberts, Richard J. "Wie Restriktionsenzyme zu den Arbeitspferden der Molekularbiologie wurden. "Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften. National Acad Sciences, n. d. Web. 12. Apr. 2017
2. Adnan, Amna. Verwendung von Restriktionsenzymen in der Biotechnologie. N. p. , n. d. Web. 12. Apr. 2017

Bild mit freundlicher Genehmigung:
1. "EcoRV Restriction Site. rsh "von Ramin Herati - erstellt mit Inkscape (Public Domain) über Commons Wikimedia
2. "Restriktionsenzym Eco RI" von Tinastella - Eigenes Werk (Public Domain) via Commons Wikimedia